上海化工研究院创建于1956年9月，是原化工部重点科研院所。1999年7月进行了属地化转制，由中央直属院所下放到地方，行政上直属于上海市经济委员会，党的关系受上海市工业党委领导。2004年1月，经上海市委调整，该院划归市国有资产监督委员会管理。
上海化工研究院是原化工部直属的综合性化工研究开发、工程技术应用单位。主要研究领域为有机化工及高分子材料、稳定性同位素、催化技术、化学工程、化学肥料、化工装备、精细化工、生物化工、化工自动化、危险品鉴定、环境保护、化工信息、技术培训、质量监督及标准制定等专业，具有甲级工程咨询和环境评价资格、乙级工程总承包和设计资格。主导产品有：稳定性同位素15N、18O、22Ne、20Ne系列产品及同位素氨基酸标记物系列产品；聚乙烯系列催化剂、净化剂；高分子有机产品；化工单元装备等。全院共有892名职工，其中科技人员455名，中、高级职称人员232名。
至2006年底，全院年总收入近2亿元，利润总额达到2500万元，比2000年增长了22.7%；总资产3.1亿元，比2000年增长68%；净资产2.1亿元，比2000年增长了122%；出口创汇400万美元，比2000年增长了108%；员工收入稳步提高，与2000年相比，基本实现翻番。
化工院主要研究领域为生物化工、化学肥料、有机高分子化工、化学工程以及化工机械及装备、新型材料、精细化工、化工自动化和仪表、电子计算机应用、环境保护、化工信息、技术培训、化肥质量监督及标准制定等。“十一五”期间将重点发展 “3+1” 专业领域（三个专业和一个服务领域），即：以稳定同位素及标记化合物制备技术为主要内容的精细化工专业领域，以聚烯烃催化剂及相关净化技术和功能高分子材料为内涵的有机高分子专业领域，以化肥二次加工技术为重点的化肥专业领域和行业技术服务。
目前依托、挂靠的国家级和行业技术中心有：国家化工行业生产力促进中心化肥分中心、酶工程分中心；国家高效分离塔填料及装置技术研究推广中心；国家磷复肥生产技术与装备研究推广中心；国家化肥质量监督检测中心；全国化肥工业信息总站；原化工部化肥工程技术中心；中国化工学会化肥分会。
2002年化工院在金山区购置土地130亩作为院产业化项目及高新技术转化项目基地，并以此成立了“上海化工研究院天地科技发展有限公司”。
化工院是国务院学位委员会批准的首批硕士学位授予单位之一，现有“化学工艺”、“化学工程”二个硕士授权点。并具有“化工石化医药行业甲级工程设计（无机化工、有机化工）资质”、“化工石化医药全行业乙级工程设计资质”、“压力容器设计资质”、“压力容器安装资质”、“甲级环评证书”、“甲级工程咨询证书”、“危险化学品经营许可证（乙级）”、“压力管道设计安装”等资质证书。拥有上海市高新技术成果转化项目14项、申请专利244项、获得授权158项、拥有200多项科技成果和140个科研产品。其中：“气相法全密度聚乙烯高效催化剂”被评为国家重点火炬项目并荣获2003年中石化科技进步一等奖、中国技术市场协会金桥奖、上海市优秀新产品二等奖、上海市国际工业博览会银奖、国家科学技术进步二等奖；“氮15稳定同位素产品”被批准为2003年度国家级重点产品、2006年度国家火炬计划，并获上海市优秀新产品奖；“重氧（18O）水产品”被评为2006年度国家重点新产品；“C98脱砷催化剂”、 “无卤膨胀型聚烯烃阻燃剂”、化机所的“MJH型油煤混合机”等项目被评为上海市新产品奖。
2001年获得了“上海市高新技术企业”和“上海市专利示范企业”的称号，2002年被评定为“上海市企业技术中心”，2006年获得“上海市知识产权示范企业”称号，连续五年名列上海市科技系统“四技”合同额的十强院所之一。2003年获得上海市工业企业知识产权工作先进集体称号。
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